郭昭巖議員在財建部門質詢對魚果市場的改建經費從一開始議會原審定總工程費140億元，今擬修正為189億9351萬6000元，其中間增加近50億元的預算提出相關質詢。她指出不少議員對市府112年所提報預算數竟較110年所提高達兩倍，且以市府提供資料所示尚有9.3億標餘款卻不運用和諸多經費追加合理性和必要性有相當多的質疑。但今年提報追加預算再不通過，隨國際原物料逐年上漲工程繼續延宕也恐影響攤商權益。故她要求市府應就相關經費編列提供更清楚的資料與說明，檢討9.3億標餘款運用甚至從今年提報追加的49.93億中扣除，並請工程專業背景的李四川副市長就相關追加經費編列的合理性和必要性做檢視，以做必要的修正。
郭昭巖並以被譽為「台最美市場台南新化果菜市場」為例，就中央經費補助竟有顏色、大小眼之別、因台南新化果菜市場改建經費農委會幾乎全額補助、反觀中央於果菜市場乃為全國批發市場、有穩定供應大台北甚至北部地區農漁產之責，至今中央卻一毛未補助的狀況。又萬大捷運線乃貫通新北台北，萬大捷運線隧道抗上浮保護措施油市公安必要，交通部也應於以補助。故郭議員要求市府極力向中央農委會和交通部反映以爭取相關經費補助。產發局長表示為就議員所指是做辦理，包括修正提報預算49.93億的相關資料並再檢討預算編列合理性和必要性，並會就市場改建中央補助經費極力座爭取。
106至118年度連續性工程，總工程費原審定為140億元，擬修正為189億9351萬6000元，中間增加近50億元的預算，柯市府時期，也就是在106年原編列預算150億元，但議會審查砍了10億元，最後通過編列140億。
郭議員指出柯市府時期，即在106年原編列預算150億元，但議會審查砍了10億元，最後通過編列140億。後因工程流標發包不出去，最終以127億元順利決標，但她在109年擔任財委會召集人時卻發現廠商竟因此減項發包，讓魚果市場樓分別從原是8層和6層減項到只蓋到5層即減少做四個樓層，她即要求市府追加減預算方式送議會審查。110年市府以追加樓層名義提報23.2億進議會審查，其中除追加4個樓層經費外，還包括她曾在質詢中所提出部分空間樓地板載重不足有公安問題必要做改善，冷鏈規劃是食安法規要求不得不行，另有果菜包裝中心、拍賣場和零售場的面積調整⋯等攤商需求。但當時多數議員認為預算140億元還剩很多，工期既需展延多年難保不會再追加，故僅同意完工時間由113年延長至118年。
郭昭巖認為即便當中又增加了捷運萬大線隧道扛上浮保護措施1.16億安全必要規劃、就算國際物料鋼材上漲，又增加的攤商需求、112年市府再度提報追加預算竟高達49.93億！相較110年23.2億元近兩倍也太天價！柯文哲留下來的攤子卻要蔣市長來收攤，她表示若有如此多項規劃因當時設計不當不足。以致如今要追加如此多經費，且當某議員將原預算從150億刪到140億時，為何不去向議會議員清楚說明據理力爭？柯市府亦應檢討負責。
而市府在110年提報議會時的追加樓層經費26.57億元，如今追加到30.95億元；需求調整從5.22億元調整成8.38億元，其他類包含設計、監造費、專案管理費從0.71億元，暴增至18.85億元⋯等總共49.93億，加上郭議員索資發現在2021年規劃編列的預算中，還剩下9.3億元的「標餘款」完全沒用，放在那邊不用卻要另外再追加！讓人質疑是柯市府為規避議會追加減預算審查，留著這筆疑似作為「小金庫」方便支用。
郭議員強調要議會通過預算也要經費編列合理性和必要性！雖在她質詢前市場處表示9.3億有部分經費作為工程PCM費用，但就資料上已列明其他類的就有PCM費用也增幅太，市府編列經費項目和使用應更清楚明瞭與合理性，否則爭議未能釐清該預算繷難在本會期通過。最後郭議員要求市場處就魚果菜市場的改建，在掌握工程進度不延宕下也要在保障工程品質及安全，因為這也是攤商們所關心的問題。市場處表示會朝此方向做努力。